Sistem za elektroforezo je sestavljen iz dveh glavnih komponent: napajalnika in komore za elektroforezo. Napajalnik napaja. "Moč" je v tem primeru elektrika. Električna energija, ki prihaja iz napajalnika, teče v eni smeri od enega konca elektroforezne komore do drugega. Katoda in anoda komore privlačita nasprotno nabite delce.
Znotraj komore za elektroforezo je pladenj – natančneje pladenj za vlivanje. Pladenj za vlivanje je sestavljen iz naslednjih delov: steklena plošča, ki se nahaja na dnu pladnja za vlivanje. Gel se drži v pladnju za vlivanje. "Glavnik" izgleda tako kot njegovo ime. Glavnik je nameščen v reže ob strani pladnja za vlivanje. V reže se vstavi PRED vlivanjem vročega, stopljenega gela. Ko se gel strdi, se glavnik odstrani. "Zobje" glavnika puščajo majhne luknje v gelu, ki jih imenujemo "vodnjaki". Vdolbinice se naredijo, ko se vroč, stopljeni gel strdi okoli zob glavnika. Glavnik izvlečemo, ko se gel ohladi, ostanejo jamice. Vdolbinice so prostor za odlaganje delcev, ki jih želite testirati. Oseba mora biti zelo previdna, da ne poškoduje gela pri nalaganju delcev. Pokanje ali lomljenje gela bo verjetno vplivalo na vaše rezultate.